Le viene dado su topónimo o nombre del pueblo a Villalobón de la aglutinación del sustantivo latino “villa” con significado de quinta, granja, etc. más el antropónimo o nombre de persona, Lopón. Lupus, etc. y por tanto nada de abundancia de lobos.

Fue Alfonso VIII quien agregó Villalobón al señorío episcopal palentino, dando ese monarca en 1202 a su concejo un fuero, siendo su primer señor al obispo Arderico.

Aún en el siglo XIV, el Libro Becerro de Behetrías corrobora que villalobón era del obispo de Palencia, al igual que Villamuriel, Magaz, Villaumbrales, etc. Se consolidó ese obispado en el siglo XV adquiriendo esas fortalezas mas Grijota, Villajimena, Villamartín, Mazariego y Santa Cecilia. A finales del siglo XVI, Villalobón se encontraban dentro del arcedianazgo de Cerrato y arciprestazgo de Astudillo y contaba con 59 feligreses.

Villalobón y los pueblos citados fueron desmembrados por los años en torno a 1580 de la Dignidad episcopal por parte de Felipe II, siendo incorporados al Patrimonio Real. Pero Villalobón debió comprar su propio villazgo por 16000 maravedíes a pagar por cada vecino, quedando en la Corona. A mediados del siglo XVIII, Villalobón continuaba siendo de realengo, tenía una población de 85 vecinos, disponía de taberna, mesón y abacería, herrero, 52 jornaleros y cuatro pobres de solemnidad.

A finales del siglo XVI Villalobón contaba con 302 habitantes, en la mitad del siglo XVIII con 85 vecinos, a mediados del XIX con 489, en 1885 con 419, en 1900 con 462, en 1930 con 665, en 1960 con 613 y en 2005 con 699.